中华人民共和国连云港海关是受南京海关直接领导，按授权负责指定口岸和区域范围内海关各类管理工作的正处级隶属海关，领导隶属海关办事处。连云港海关管辖范围为连云港市的各项海关管理工作。主要职责是：负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务 <ref>[https://www.sohu.com/a/303577608_100081496 关务是什么？海关主要负责哪些？]，搜狐，2019-03-25</ref> ，反馈执法作业结果；完成南京海关交办的其他工作。

办公室（党委办公室）、人事政工科（党委组织宣传部）、财务科、技术科、法规科、综合业务科、查验一科、查验二科、查验三科、查验四科、关税科、统计分析科、旅检一科、旅检二科、快件监管科、特殊区域管理科、稽查科、企业管理 <ref>[https://www.sohu.com/a/505837526_120219878 企业管理的五种职能和七大原则] ，搜狐，2021-12-06 </ref> 科、保税监管科、督察内审科、业务运行监控科。