1917年6月15日他出生於美國紐約市，當時正值經濟大蕭條，他的父親失業，後來在肯塔基州伯里亞的伯里亞學院獲得了一份新工作。1937年約翰·貝內特·芬恩獲得了伯里亞學院的化學學士學位，並於1940年獲得[[耶魯大學]]博士學位。畢業後他曾進入位於阿拉巴馬州的Monsanto化學公司和位於密歇根州的Sharples化學公司工作，之後創設一間Experiment Inc.研發公司；1959年到1967年，則在[[普林斯頓大學]]工作，之後在耶魯大學任教，1987年因70歲被強制從耶魯退休，開始著手電灑游離法（electrospray ionization，簡稱ESI）研究，在1994年轉任維吉尼亞聯邦大學，一直都還是一名活躍的研究員；2002年獲諾貝爾獎。2010年10月因併發症逝世 於[[維吉尼亞州]] ，享年93歲<ref>{{cite news | author = Thomas H. Maugh II | coauthors = | url = https://www.latimes.com/archives/la-xpm-2010-dec-14-la-me-john-fenn-20101214-story.html | title = John B. Fenn dies at 93; shared Nobel Prize in chemistry | publisher = Los Angeles Times | pages = | date = 2010-10-14 }}</ref>。

他共有兩段婚姻，第一任妻子是瑪格麗特威爾遜，1922年兩人至 [[ 紐西蘭 ]] 旅行，因車禍中。他的第二任妻子是弗雷德里卡馬倫。他育有一子、兩個女兒，兩個繼女。