建元六年，窦太后死后，汉武帝罢黜黄老、刑名、百家之言，重新发动尊儒，这便是有名的"罢黜百家，独尊儒术"。汉武帝元朔二年，司马迁从夏阳迁居长安，后随家迁于京城，从孔安国学《尚书》，从董仲舒学《[[春秋]]》。随后他继承父业为太史令。公元前104年，司马迁在主持历法修改工作的同时，正式动笔写《[[太史公书]]》。天汉二年(公元前99年)，他因"李陵事件"，为投降匈奴的李陵求情，因其直言触怒了汉武帝，认为他是在为李陵辩护，遂遭受宫刑。在狱中司马迁发奋图强，自强不息，忍受了非常人所能忍受的痛苦，继续编写《史记》。司马迁出狱后任中书令，继续发愤著书，终于于公元前91年完成了《史记》。公元前90年，司马迁逝世，终年56岁。对于司马迁的死因，因史料无明确记载，至今仍为未解之谜。

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