三家業者中北總與京成兩家公司共用位於西側的北總站區，而武藏野線則單獨使用位於東側的JR站區，兩者間再以檢票口與立體設施串連。在二者中，JR東日本所屬的東松戶車站，是由{{link-ja|東日本旅客鐵道千葉支社|東日本旅客鉄道千葉支社|JR東日本千葉支社}}負責管轄<ref name="JRE">{{cite web|url=[http://www.jreast.co.jp/estation/station/info.aspx?StationCd=1708 |language=ja |script-title=ja: 駅情報検索 - 東松戸 |publisher=]，[[JR東日本]]官方網站 | date= |accessdate=2013 ，2013 年1月20日}}</ref>，車站編號為JM13。而北總鐵道與京成電鐵共用的站區部分，北總鐵道是軌道與車站設施的實際擁有者（[[第一種鐵道事業者]]），而京成電鐵則是以[[第二種鐵道事業者]]的身份與其共用，其在北總鐵道系統內的車站編號為HS05。

* 1998年（平成10年）3月14日：JR東日本車站開業<ref name="jtb"/> 。站前圓環啟用。** 兩線開業前的臨時站名皆為地名的「'''紙敷'''」，但開業時改成「'''東松戶'''」<ref name="jtb">[[#jtb|武蔵野線まるごと探見]]、pp.86-87。</ref> 。

*** JR東日本車站最初並未規劃，是在民眾與松戶市等的請求下，由松戶市負擔費用，於1998年開業<ref name="jtb"/> 。

在1998年才啟用的JR東日本東松戶車站是武藏野線上最晚設置的幾個車站之一（僅次於[[吉川美南車站|吉川美南]]與[[越谷湖城車站|越谷湖城]]（{{lang|ja|越谷レイクタウン}}）兩座車站），是一個設置有[[對向式月台]]一對、兩條乘車線的高架車站<ref name="jtb"/> 。車站大廳、檢票口等設施位於車站一樓，月台則設於二樓。站內設有多功能廁所。2018年3月24日起，首班車至早上6時30分採取遠隔對應（對講機可聯絡[[新八柱站]]站員），不配置站員<ref>{{Cite web |url=[https://doro-chiba.org/nikkan/%EF%BD%8A%EF%BD%92%E5%8D%83%E8%91%89%E6%94%AF%E7%A4%BE-%EF%BC%97%E9%A7%85%E3%81%AE%E9%81%A0%E9%9A%94%E6%93%8D%E4%BD%9C%E7%84%A1%E4%BA%BA%E5%8C%96%E5%B0%8E%E5%85%A5%E3%81%A8%E9%8C%A6%E7%B3%B8%E7%94%BA/|title=JR千葉支社-7駅の遠隔操作=無人化導入と錦糸町駅の旅行業務委託を提案|accessdate=2018-03-09|publisher= ]， 国鉄千葉動力車労働組合|archiveurl=https://archive.is/jUCnd|archivedate=2018，2018-03-08}}</ref>。

* '''北總鐵道''' - 2016年度的1日平均上下車人次為18,118人<ref name="hokso-jyoukou">[https://www.keisei-agency.co.jp/transit_media/ebook/mobilesafari/body_ms.html KEISEI MEDIA GUIDE 2018 平成28年度 1日平均乗降客数] - ， 京成エージェンシー}}</ref>，在北總線內次於京成高砂、千葉新城中央、新鎌谷，排行第4名。* '''京成電鐵''' - 2017年度的1日平均上下車人次為4,250人<ref name="keisei-jyoukou">[http://www.keisei.co.jp/keisei/tetudou/people.htm 京成電鉄 駅別乗降人員]</ref>，在該公司全線各站中排名第58。北總鐵道的使用人數是換算京成電鐵運行的[[成田機場線#Access特急|Access特急]]使用人數得出。* '''JR東日本''' - 2019年度的1日平均上車人次為20,839人<ref name="jreast-jyousha">{{Cite web |url=[http://www.jreast.co.jp/passenger/index.html |title=JR東日本 各駅の乗車人員 |access-date=2018]，2018-11-03 |archive-url=https://web.archive.org/web/20010506032321/http://www.jreast.co.jp/passenger/index.html |archive-date=2001-05-06 |dead-url=yes }}</ref>，在[[武藏野線]]的26個車站（貨物專用站除外）當中排名第15。2005年度以前是武藏野線人次最少的車站。

此外，兩線前往[[都心]]方向並不需要在此轉乘，班次也不多。京成'''Access特急'''原先規劃不停本站，但在地方政府與JR武藏野線沿線自治體的要求下增停<ref>[http://www.city.matsudo.chiba.jp/var/rev0/0031/6811/060615.pdf 成田新高速鉄道一般特急の東松戸駅への停車を要望、2万8千人の署名が集まりました] ， 広報まつど、No.1260 、2006 ，2006 年6月15日、p.3</ref><ref>[http://www.city.matsudo.chiba.jp/var/rev0/0031/6901/100115.pdf 成田新高速鉄道（成田スカイアクセス）一般特急の東松戸駅停車決定！]}} ， 広報まつど、No.1359 、2010 ，2010 年1月15日、p.2</ref>。

車站所在地傳統上的地名稱為「{{link-ja|紙敷|紙敷}}」，因此車站在尚未設立前曾使用過「'''紙敷'''」的臨時站名，但在正式設站時仍然根據車站位在松戶市東部的原因而命名為'''東松戶'''。因為本站站名的關係，周遭地區在2012年時根據車站名稱更改成「東松戶」<ref>{{Cite web|url=[http://www.city.matsudo.chiba.jp/shisei/matsudo_kouhou/kouhou/kouhou2012.files/2013820115550.pdf |format=PDF|title=2  2 月25日（土）から、紙敷の一部の町名地番が変わります|publisher= ]， 松戸市|work= 広報まつど　No.1417|page=2|date=2012，2012-02-01|accessdate=2015-05-21}}</ref>。