克拉玛依第二中学始建于1964年9月。学校成立之初是一所用维吾尔语言文字授课的中学。1967年9月，成为一所民汉合校。随着民汉学生的不断增长，办学规模的不断扩大，1980年7月，汉语部整体从第二中学分离出来，并入新建的第六中学。为了深入贯彻落实《国务院关于深化改革加快发展民族教育的决定》 <ref>[https://www.sohu.com/a/101860584_387114 国务院关于加快发展民族教育的决定]，搜狐，2016-07-07 </ref> 和《自治区党委、自治区人民政府关于大力推进“双语”教学工作的决定》的精神，根据《克拉玛依市“十一五”及2020年教育事业发展规划》的工作要求，经市委、市人民政府研究决定，克拉玛依市第二中学于2009年9月恢复为民汉合校的完全中学。

多年来，在市委、市政府和各级教育行政部门的正确领导下，经过全校各族师生的共同努力，第二中学先后获得了“克拉玛依市规范化学校”、“克拉玛依市社会治安综合治理先进学校”、“克拉玛依市平安学校”等荣誉称号。学校以“克拉玛依市足球学校”为办学特色，坚持以学生发展为本，大力实施素质教育 <ref>[https://www.sohu.com/a/257990817_100049355 素质教育基本内涵以及表现]，搜狐，2018-10-07</ref> ，加大教科研力度，使学校教育教学质量稳步提升。每年高考、抽考、中考成绩稳定，在全市民族中学中始终处于前列。2008年学校初中部有教学班14个，2006年、2007年、2008年初中适龄少年总数分别为550人、515人和529人，入学率达到100%。适龄残疾少年入学率、初级中等教育完成率始终保持在100 %。辍学率为0。