重点保护对象是区内的海洋环境、珍稀海洋生物 <ref>[https://www.sohu.com/a/125586167_514142 讲道理，这些海洋生物你肯定没见过！]，搜狐，2017-02-06 </ref> 和生物多样性。

此外，青澳湾海域底质主要为岩礁 <ref>[https://www.sohu.com/a/21943735_201756 拯救最危急的海洋栖息地——贝类岩礁] ，搜狐，2015-07-09</ref> ，海底起伏不平，并分布有砂、砂泥、沙砾及泥沙等，海底粗糙，起伏不平，礁石林立，生境相当多样。独特海洋生境和海底特征，为许多生物类群，如附着性海藻、珊瑚类、附着性底栖生物、埋栖性底栖生物和游泳生物等，提供了良好的栖息、索饵和繁衍场所。