中国科学院昆明植物研究所标本馆(以下简称“KUN”)的前身为云南农林植物研究所标本室，系原北平私立静生[[生物]]调查所与云南省教育厅合办、由着名植物学家胡先骕先生等于1938年创建的国内较早的植物标本室之一，当时主要收藏的是静生生物调查所派员在云南采集而给云南省教育厅留下的复份标本，这些标本作为研究云南植物的张本，发挥了巨大的启动作用。此后，KUN馆藏量逐年增加，主要收藏了号称当时四大云南植物采集家---蔡希陶、王启无、俞德浚、冯国楣的标本。1950年4月昆明[[解放]]后，云南农林植物研究所改名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站，1953年2月9日再改名为中国科学院植物研究所昆明工作站，直至1959年中国科学院昆明植物研究所正式成立。标本室首任主任可能是时任云南农林植物研究所业务副所长的汪发缵先生；其后，历任主任(馆长)分别是郑万钧先生、冯国楣先生、尹文清先生、李锡文先生、方瑞征先生、陈书坤先生、孙航研究员、周浙昆研究员、彭华[[研究员]] <ref>[https://www.sohu.com/a/484197665_121117786 评研究员条件是什么？有哪些要求？]，搜狐，2021-08-19 </ref> 。多年以来，KUN与国内外着名的标本馆及研究机构建立了稳定的标本互借、交换等业务关系，在中国乃至世界植物学研究、植物[[资源]]开发利用及生物多样性保护方面具有重要地位，是中国植物学研究的重要基地。

昆明植物研究所标本馆是我国第二大植物标本馆。迄今为止，经过认真贴号[[统计]]核实，本馆共收藏了除藻类外的植物标本122 万余份(详见下表)。其中，有根据发表时标注和[[文献]]统计出来的各类模式标本约1.2 万份。这些馆藏标本采自全国各地，以中国西南及横断山地区的最为丰富；主要采集人(采集队)包括：蔡希陶，独龙江考察队，冯国楣，横断山考察队，黄河考察队，李鸣岗，毛品一，墨脱队(ETM，孙航、周浙昆等)，南水北调队，彭华，秦仁昌，青藏队，邱炳云，王启无，武全安，武素功，吴征镒，西南联大队，俞德浚，玉溪队，中苏云南考察团；黎兴江(苔藓)，臧穆(真菌<ref>[http://www.360doc.com/content/17/1030/11/5567266_699387235.shtml 真菌概述]，个人图书馆，2017-10-30</ref>)。此外，通过与国内外各[[研究]]机构之间的合作考察、赠送、交换等方式，KUN馆藏量还在以每年10000余份的速度在增加。