[[ 中华人民共和国 ]] 建立后，侯作吾先后在[[中央音乐学院]]、[[上海音乐学院]]、[[四川音乐学院]]教授[[古琴]]。他曾和 [[ 杨荫浏 ]] 整理出版了《古琴曲汇编》第一集。另外，他是第一个把古琴减字谱和五线谱做成对照谱出版的人。