然而谢朓还是没有逃脱政治浊浪的裹挟。同年初秋，萧鸾死去，他的儿子、荒淫无度的东昏侯萧宝卷登位。第二年，在始安王萧遥光，贵戚江祏、江祀、刘沨等合谋的又一起夺位阴谋中，因为谢朓拒绝了他们奉立萧遥光为帝的要求，终于受诬而死，时年三十六岁。

这时萧鸾已身染沉疴，而北魏军队常渡江骚扰，南北兵刃数次相接。东昏侯永元元年（499年），始安王萧遥光谋夺帝位，谢朓不预其谋，反遭诬陷，下狱而死。谢朓临败叹道：“我不杀王公，王公由我而死。”

对于谢朓的死，前人颇有议论。今天看来，他的死能反映出齐代乱世的时代特点；谢朓的自我矛盾和畏祸心理，也是当时士大夫阶级的通病，我们不宜对他过于苛求。我们不妨假设：以谢朓这样逸兴壮飞的才情，如果他能再活上三十六岁的话，我们将多读到多少“清水出芙蓉”般的诗篇！<ref>[https://www.sohu.com/a/370845444_99949262 谢朓出守宣城考论（下）]，搜狐网 ，2020-12-27 </ref>