成化十七年（1481）的进土[[王守仁]]，浙江余姚人，世称阳明先生，是当时著名的政治家和哲学家。他于青少年时就开始研究宋代大儒朱熹的理学，提出了"格物穷理"的观点，认为"物理不外于吾心，外吾心而求物理，无物理矣"，突破了长期以来绝对对立的形而上学观点，把朱子理学向唯物主义方向推进了一大步。王守仁的观点被龚一清等一些思想较进步的官员所接受和推崇，但亦遭到了以宰辅[[张四维]]为代表的守旧派的抵制和攻击，被诬之为"异学邪说"。直到王守仁死后56年的万历十二年（1584），在确定王守仁是否应该入祀孔庙这个问题上，廷臣中还有着很大的争议。为了显示公平合理，朝廷诏集九卿科道儒臣，由礼部主持举行了一次投票推选。结果多数人认为王守仁、[[陈献章]]、[[胡居仁]]三人可以入祀孔庙。但有礼部尚书，河南人[[沈鲤]] <ref>{{cite book|title=History of Ming and Qing Dynasties|url=https://books.google.com/books?id=p4dOAQAAMAAJ|year=2009}}</ref> 和部分北方的官员反对王守仁入祀孔庙。宰辅张四维凭藉个人之见，武断地说："对王守仁入祀多有争议，不宜入祀孔庙。"对此，龚一清当即反驳:"你难道不知叔孙曾诬蔑过孔子吗?难道说孔子就不算为圣人了？"张四维强词夺理地说："你是浙江人帮浙江 人讲话。"龚一清说:"我给[[孔子]]说话，难道我就是鲁国人了?"张四维被驳得张口结舌，无言以对。于是龚一清就议了一道奏疏，详尽地阐述了王守仁应该入祀孔庙的理由。龚一清对王守仁的哲学思想作了高度的慨括;对王守仁与朱熹的不同见解也加以辨证的阐述。他的洋洋三四千言的奏疏，终于说服了皇帝和廷臣。在大学士申时行等人的支持下，龚一清获得胜利。万历十二年（1584），王守仁入祀孔庙。但龚一清也因此而得罪了权奸，从而注定了他一生都不能列于朝廷，而只能戎马倥偬于边陲的命运。

万历十八年(1590)，龚一清奉命出任广西承宣布致使司参议，分守右江。龚一清到任后就发布剿寇告示，开展了大规模的剿寇。但因盗寇系本地亡命之徒，出没无常，故而收效甚微。针对这一情况，龚一清经过实地勘查，掌握了盗寇出没之所。于是，他在盗寇经常出没之地设立了几十个堡垒遥相呼应，形成犄角之势，一堡报警，全部围歼，有效地抑制了盗寇的猖獗之势。龚一清趁热打铁，立即着手修复城邑，要官员们迁回府衙理事，大大稳定了军心、民心。经过两年的努力，终于平定了右江一带的盗寇之乱，使乡民得以安居乐业 <ref>{{cite book|title=Journal of South-Central University for Nationalities: Humanities and social science|url=https://books.google.com/books?id=qhPkAAAAMAAJ|year=2005|publisher=Zhong nan min zu daxue xue bao bian ji bu}}</ref> 。

万历二十一年(1593)，龚一清奉命赴朝参战。因他生就一双目光锐利的眼睛，加上声如洪钟，故而倭寇见之即胆战心寒。因此，龚一清兵不血刃即能奏凯之事时而有之 <ref>{{cite book|title=明代倭寇祸潮与潮汕军民抗倭资料|url=https://books.google.com/books?id=O_RKAQAAIAAJ|year=2000|publisher=潮汕历史文化硏究中心资料征集委员会}}</ref> 。