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→歷任首長
| 1 || [[周詒春]] (1883–1958) || 1947年4月23日 || 1948年12月22日 ||
|-
| 2 || [[林可勝]] (1897–1969) || 1948年12月22日 || 1949年1月18日 || 國防醫學院院長兼任。後由朱章賡代理|-| 3 || [[金寶善]] || || || 未到任|-| colspan="6" style="background-color: #fdf7a9;"|<b>內政部衛生司 司長（第2次）</b>|-| 1 || [[朱章賡]] (1900–1978) || 1949年1月13日 || 1949年3月21日 || 代理，副署長[[王祖祥]]|-| colspan="6" style="background-color: #fdf7a9;"|<b>內政部衛生署 署長（第3次）</b>|-| 1 || [[王祖祥]] || 1950年4月28日 || 1955年10月27日 || |-| 2 || [[郭松根]](1903–1982) || 1955年10月27日 || 1958年1月28日 || |-| 3 || [[吳靜]](1905–?) || 1958年1月28日 || 1958年9月16 || 後由[[李之琳]]代理。|-| colspan="6" style="background-color: #fdf7a9;"|<b>行政院衛生署 署長（第3次）</b>|-| 1 || [[顏春輝]](1907–2001) || 1971年3月17日 || 1974年6月25日 || 醫學博士|-| 2 || [[王金茂]](1913–2002) || 1974年6月25日 || 1981年5月9日 || 公共衛生博士學位|-| 3 || [[許子秋]](1920–1988) || 1981年5月9日 || 1986年1月14日 || 公共衛生博士學位|-| 4 || [[施純仁]](1923–2017) || 1986年1月14日 || 1990年6月2日 || 醫師體系|-| 5 || [[張博雅]](1942–) || 1990年6月2日 || 1997年9月1日 || 醫師體系|-| 6 || [[詹啟賢]](1948–) || 1997年9月1日 || 2000年5月20日 || 醫師體系|-| 7 || [[李明亮]](1936–) || 2000年5月20日 || 2002年9月1日 || 醫師體系。離職後由[[涂醒哲]]代理。|-| 8 || [[涂醒哲]](1951–) || 2002年12月31日 || 2003年5月18日 || 醫師體系|-| 9 || [[陳建仁]](1951–) || 2003年5月18日 || 2005年2月1日 || 離職後由台灣護理協會[[王秀紅]]代理。|-| 10 || [[侯勝茂]](1950–) || 2005年2月17日 || 2008年5月20日 || 醫師體系|-| 11 || [[林芳郁]](1950–) || 2008年5月20日 || 2008年9月25日 || 醫師體系。離職後由[[宋晏仁]]代理。|-| 12 || [[葉金川]](1950–) || 2008年9月26日 || 2008年9月25日 || 衛生公務人員體系|-| 13 || [[楊志良]](1946–) || 2009年8月6日 || 2011年2月9日 || 第二位公共衛生學者|-| 14 || [[邱文達]](1950–) || 2011年2月9日 || 2013年7月22日 || 醫師體系|-| colspan="6" style="background-color: #fdf7a9;"|<b>衛生福利部 部長（第1次）</b>|-| 1 || [[邱文達]] || 2013年7月23日 || 2014年10月3日 || 醫師體系。離職後由衛福部政務次長林奏延代理。|-| 2 || [[蔣丙煌]](1952–) || 2014年10月22日 || 2016年5月19日 || 首位食品科學學者|-
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