深井天主教小學前身是[[柴灣角天主教小學]]﹐而後者前身卻為位處[[牛頭角]]龍山復華村[[平房區]]的[[庇護十二學校]]。復華村於1978年開始被清拆（香港政府清拆[[復華村]]後在原址建成[[樂華村]]）。庇護十二學校亦於1979年被清拆，原址後來建成[[樂華天主教小學]]（樂華天主教小學前身則為[[牛頭角天主教小學]]，這校都是[[瑪利諾會]]創辦）。庇護十二學校部份教職員轉往[[瑪利諾會]]其他學校，但大部份都轉到[[天主教香港教區]]神父劉玉亭神父在[[荃灣]]新開辦的[[柴灣角天主教小學]]<ref> 。2009年[[柴灣角天主教小學]]上午校遷往[[深井]]並改名深井天主教小學繼續由[[天主教香港教區]]辦學。柴灣角天主教小學下午校仍然留於[[荃灣]]原址繼續辦學同時實施全日制。