学院下设基础医学系、临床医学院、[[生物]]医学工程系和公共健康研究中心，涵盖了分子与细胞生物学 <ref>[https://www.sohu.com/a/331260650_720197 【专业指南】MCB分子细胞生物学 ]，搜狐，2019-08-03 </ref> 、免疫学、肿瘤生物学、传染病学、神经科学、生物医学工程学、公共健康学与临床医学八大学科。 在临床方面，清华大学华信医院、清华大学玉泉医院、北京清华长庚医院是学院的附属医院，解放军总医院（301医院）、北京医院、中日友好医院、北京积水潭医院和北京神经外科研究所（天坛医院神经外科）是学院的教学医院。2016年12月，医学院下成立临床医学院，将进一步整合基础和临床教学资源，提升临床医学博士培养质量，建设住院医师、专科医师规范化培训基地。

医学院现有专职教师83人，其中教研系列56人，教学系列8人，研究系列19人。教师队伍中，诺贝尔奖获得者1人，[[中国科学院]]院士2人，[[中国工程院]]院士1人，万人计划<ref>[https://www.zhifuzi.com/news/102652.html 国家“万人计划”项目的具体政策是怎样的？ ]，知夫子研究院，2017-07-08</ref>--领军人才1 ，万人计划--青年拔尖人才1人，国家杰出青年基金获得者6人，国家优秀青年科学基金6人。