1987年，塞纳同樣只取得兩座分站冠軍，以及一次杆位，這時傳統豪門蓮花車隊已經逐漸沒落，塞纳瞭解蓮花車隊的狀態已經無法幫助他更上一層樓，為了尋求突破，這年賽季結束後，塞纳離開了蓮花車隊，轉投迈凯伦车队。

1988年，塞纳加入迈凯伦车队<ref name="prostfan.com">{{cite web|url=http://www.prostfan.com/senna2.htm |title=Ayrton Senna by Alain Prost |publisher=prostfan.com |accessdate=2 October 2010}}</ref>，與隊友普罗斯特展開了F1史上一段極為傳奇的對抗。這年迈凯伦车队的競爭力大幅超前其他車隊，在全年16場賽事中，總共取得了15場分站冠軍。當中塞纳取得了8座，普罗斯特取得了7座。雖然年度總積分普罗斯特以105分勝過塞纳的94分，不過那時候F1 只有計算全年最佳的11場分站積分，因此塞纳以90分壓過普罗斯特的87分，取得了世界冠軍的頭銜。

此後，F1賽車的的技術規則被大幅修改，活動懸掛系統以及加速控制系統遭到禁止，引擎容積也由3.5公升減至3.0公升，賽車前後的下壓力被削減。此外，出事的伊莫拉（Imola）賽道也被重新修改。在FIA主席[[馬斯·莫斯理]]（Max Mosley）大力提倡比賽安全與禁用電子裝置的政策之下，往後20年的F1比賽也再沒有車手喪生（直到2015年，法國F1車手[[儒勒·比安奇]]在事故後9個月逝世）。

1994年5月4日，[[巴西航空]]派出專機護送塞纳的遺體回到巴西，巴西政府為其舉行國葬，超過100萬的巴西民眾沿途追悼塞纳。但是迈克尔·舒马赫缺席了這場葬禮（因為部分不理智的車迷認為賽場上舒馬赫對塞纳的窮追不捨是導致這次車禍的原因，揚言要報復舒馬赫，但這是相當荒唐的，在賽車場上後車追著前車是無庸置疑的，換作是塞纳跟在舒馬赫後面他也會這麼做）。巴西以國家元首的禮節將塞纳的遺體安葬在其家鄉聖保羅市，在塞纳的墓誌銘上刻著：「沒有什麼可以讓我遠離上帝的愛。」（原文[[葡萄牙文]]：{{lang|pt|NADA PODE ME SEPARAR DO AMOR DE DEUS.}}）<ref>[http://www.biblegateway.com/passage/?search=romans%208:38-39&version=NIV; Romans 8:38-39, NIV]</ref>