他长期从事汉语与少数民族语言的教学与研究，尤其是对彝语的研究更具有开拓性。他的《撒尼彝语研究》(商务印书馆，1951年)是一部系统深入地研究彝语语音、词汇、语法的著作。这也是我国学者研究彝语的第一部较全面的学术著作。他最早指出彝语有松紧元音的对立。他研究彝文注意结合彝族的风俗习惯、神话传说、社会历史、生活习俗、宗教迷信等来进行，发表了《从彝族氏族名称中所见的图腾制度》《茂莲社区的男女夜合》等一系列论文，并翻译了《倮文作斋经译注》(《历史语言
研究所集刊》1949年第14本)、《倮文作祭献药供牲经译注》(《历史语言研究所集刊》1948年第20本上)等。这两部经典是研究彝文和了解彝族社会历史及宗教的重要文献。
{{Infobox person | 图像 = [[File:马学良文集2 .jpg|缩略图|center|[https://image.baidu.com/search/detail?ct=503316480&z=0&ipn=d&word=%E9%A9%AC%E5%AD%A6%E8%89%AF&step_word=&hs=0&pn=11&spn=0&di=55550&pi=0&rn=1&tn=baiduimagedetail&is=0%2C0&istype=0&ie=utf-8&oe=utf-8&in=&cl=2&lm=-1&st=undefined&cs=1604767628%2C1613834837&os=1050929150%2C1439722333&simid=4291672441%2C768196877&adpicid=0&lpn=0&ln=591&fr=&fmq=1621072231237_R&fm=&ic=undefined&s=undefined&hd=undefined&latest=undefined©right=undefined&se=&sme=&tab=0&width=undefined&height=undefined&face=undefined&ist=&jit=&cg=&bdtype=0&oriquery=&objurl=https%3A%2F%2Fgimg2.baidu.com%2Fimage_search%2Fsrc%3Dhttp%3A%2F%2Fwww.kfzimg.com%2FG01%2FM01%2F48%2F8E%2Fo4YBAFPhhT2AeoyoAAPOfACngUE743_b.jpg%26refer%3Dhttp%3A%2F%2Fwww.kfzimg.com%26app%3D2002%26size%3Df9999%2C10000%26q%3Da80%26n%3D0%26g%3D0n%26fmt%3Djpeg%3Fsec%3D1623664243%26t%3Dbf91c64d8eea627cfa61b4f40e46aec7&fromurl=ippr_z2C%24qAzdH3FAzdH3Fk55h_z%26e3Bh5g2uz_z%26e3Bv54AzdH3Ftpj4_rtv_88adm_dclalnad8AzdH3F&gsm=c&rpstart=0&rpnum=0&islist=&querylist=&force=undefined 原图链接] [http://www.kongfz.com/topic/80584/ 图片来源孔子旧书网]]]| 图像说明 = 马学良文集 }}
他注重语言的比较研究，将汉语与同语系的其他语言进行比较，著有《我国汉藏语系语言元音的长短》(合作，《中国语文》1962年第5期)、《〈切韵〉纯四等韵的主要元音》(合作，《中国语文》1962年第12期)等，提出了汉语的元音在历史上曾经分长短的观点。这不仅对壮傣、苗瑶语族语言的语音研究有参考价值，也为汉语语音史的研究提供了研究线索，开创了利用有关的少数民族语言材料研究古代汉语声韵的一条新路。