<p ul style="textline-height:36px; margin-left:20px; list-style-position:outside;"><li><b style="margin-indentright: 30px5px; linemargin-heightleft:30px5px;">2016年1月 </b> ，政治人物[[姚文智]]在立委選舉期間開記者會並製作文宣指潘懷宗「黑心代言頻出包，閃躲不用道歉？」，被潘提告，但[[士林地方法院]]認為潘懷宗代言的商品陸續出現安全疑慮等狀況 雅芳「淨活水」淨水器未取得美國國家衛生基金會（NSF）認證，廣告指稱通過美國水質協會和美國國家基金會檢驗認證」而遭[[公平交易委員會]]裁罰100萬元；台糖「鈣股力」所稱「9周減少78%骨質流失」只是動物實驗結果而未經人體試驗，被衛福部及[[臺南市政府]]認定誇大療效誤導消費者而違反《健康食品管理法》），認定姚文智形容為「黑心」所指的「不誠實」、「蒙蔽良心」，不構成故意或過失侵害潘的名譽權，潘上訴。[[臺灣高等法院]]於2017年12月指出潘懷宗的相關專業與學識應較一般人更能審慎研究、評估代言產品的宣傳、成分是否有疑慮，但這些商品確有爭議，認為姚文智的發言是基於公益，且已盡合理查證義務而為適當評論，支持一審見解，駁回潘之上訴，全案可上訴。</pli><p li><b style="textmargin-indentright: 30px5px; linemargin-heightleft:30px5px;">2020年2月27日 </b> ，潘懷宗在[[政論節目]]《這！不是新聞》中暗示新冠肺炎病毒可能是源自美國，又宣稱美國在2019年爆發的跟電子煙有關的肺炎也是新冠病毒引起。就相關言論，騰訊網發表以《台灣節目說新冠病毒源頭在美國？拜託專家，請認真讀論文》為標題的文章，批評相關說法荒謬，指出電子煙肺炎與新冠肺炎完全不一樣，從電子煙肺炎患者的肺泡灌洗液裡也沒有檢測出新型冠狀病毒；文章又指出，潘懷宗在政論節目上引用的論文只在中國科學院科技論文預發布平臺上公佈，還沒有經過同行評議，有關分析不知會否被同行接受，而且該論文的重點想說明的是，來自[[華南海鮮市場]]有關患者的病毒在進化上並不是最早的病毒，也就是病毒在華南海鮮市場爆發肺炎前已經出現。該騰訊網文章批評，如果據此簡單地解讀成美國是病毒的源頭是「非常荒謬的」。中國大陸媒體《[[經濟日報]]》邀請[[蘭州大學]]研究員趙序茅進行研判，他指出潘懷宗在節目上展示的中國大陸論文並沒有「直指美國是源頭」，只能說「祖父級」病毒有出現在中國深圳和美國，根本無法得出病毒源自美國，他又表示「根據基因組分析，新冠病毒的源頭並不在華南海鮮市場。其源頭究竟在哪，還需要相關研究者的繼續追蹤，但根據目前的相關研究，應該還在武漢。」。</pli><p li><b style="textmargin-indentright: 30px5px; linemargin-heightleft:30px5px;">2021年1月27日 </b> ，士林地檢署聲請羈押潘懷宗與其辦公室主任，指控潘於2008年至2020年間，先後以人頭詐領公費助理薪資至少約300萬元後挪作私用。法官召開羈押庭後，裁定潘懷宗200萬元交保。檢方不服，向高等法院提出抗告。高院2月5日晚間撤銷原裁定，發回士林地方法院更裁。</li>2 <li><b style="margin-right:5px; margin-left:5px;">2021年2 月8日 </b>[[ 潘懷宗 ]] 庭上就貪汙罪部分採取認罪態度，士林地方法院法官開庭後仍裁定 [[ 潘懷 宗200 宗]]200 萬元交保。</li></pul>