该剧讲述了由一次山洪暴发引发朝野阵阵厮杀和扑朔迷离的谋杀案情，宋皇请宋慈官复原职出山破案，却引发宋慈挑战当朝[[皇帝]]权威的故事。

南宋端平元年，山洪暴发。山间一座荒冢被山水冲塌，坦露出一具佩戴着一枚前[[皇太子]]玉佩的无名尸骨，案情震动朝野；被百姓称为“独臂青天”的湖州知府曹墨，被御史王儒璋以五十万专银失踪而问以重罪，而曹墨明知被冤却不作申辩，贪银案另有蹊跷；经宋提刑验骨推断，尸骨身份被渐渐引向十八年前死于意外大火的前太子赵泱。而据皇室记载，赵泱当年遇难之后，明明是由宰相石开元亲自去湖州验明正身，并迎回皇陵下葬。为查明真相，宋提刑押上宋氏一家老少的性命，在皇陵动土开棺，果然验出惊天秘事——济王墓内的白骨，竟是一具怀胎十月的女尸！曹墨突然向王儒璋举报，侵吞五十万专银的正是户部侍郎李佑淳。可就在王御史赶到李府的当天，李佑淳却已割喉自杀；宋提刑到现场检验，确证李佑淳并非自杀，而是死于同僚的谋杀。宋提刑经过缜密的推理，发现了专银案和尸骨案有着必然的联系。

英姑回京后雪藏了湖州命案的证据和已经苏醒的证人姜汝成，想以此让宋慈知难而退。谁料宋提刑在史官裴时安的帮助下，却又有了新的发现：收藏在重兵把守的天章阁的先帝遗诏竟然被盗。这一发现使所有的线索都指向一个人——圣上。根据李佑淳生前留下的线索，王儒璋微服私访，又得到一条重要线索：户部尚书伍德正是当年一手策划矫诏另立的已故宰相石开元之子。而此时，一直借着中风失语之症而不吐一字的姜汝成，也终于在临终前向宋提刑道出了当年所谓济王遇难的真相，至此，整个案情昭然若揭。可就在全案真相大白的前夕，皇城潮鸣寺又发生一桩更为恐怖的血案：前太子太傅之子阚必昌和来自天台山净佛寺的昭明大师双双被害。而据寺中一空小师傅所言，案发夜，先后有三拨人马偷来寺中，而这三拨人都具备谋杀的动机和时机。