1974年[[台南一中]]畢業後，考進[[國立台灣大學]]圖書館學系（今圖書資訊學系），後轉到歷史學系，同班同學有[[周婉窈]]、[[陳弱水]]、[[胡忠信]]、[[劉黎兒]]等，1978年畢業留校擔任助教，1984年留學[[日本]]，1987年在[[東京大學]]取得（大學院[[人文科學]]研究科）碩士學位，並升入博士班，1990年修畢博士課程。{{Fact|'''吳密察'''曾在課堂上表示，「念博士班時就有人要他了，有人要當然趕快去就職，笨蛋才把博士念完，萬一唸完人家不需要了，找不到工作了怎麼辦。」，故未取得博士學位。|time=2016-08-08T08:50:54+00:00}}