''' 第二军医大学研究生院 ''' 于2000年6月经 [[ 教育部 ]] 批准试办，2004年9月教育部批准正式成立，是全军 三所研究生院之一。设招生处、教学培养处、学位与学科建设处，是学校学位与 [[ 研究生教育 ]] 和学科建设工作的管理机构。 我校自1955年开始招收培养研究生，是国家首批 [[ 博士 ]] 、 [[ 硕士 ]] 学位授权单位和首批在职人员申请硕士、博士学位单位和放权免检单位，也是国家首批临床医学专业学位博士、硕士两级授权试点单位。

建校以来，先后招收研究生8113名，其中博士生2397名，硕士生5716名；共授予学位5449名，其中博士学位1816名，硕士学位3633名。在校研究生2000余名。获得“全国百篇优秀博士学位论文”10篇，位居全国医科院校和全军院校第一；全军优秀博士 [[ 论 文9 文]]9 篇，优秀硕士论文10篇； [[ 上海市 ]] 优秀博士论文29篇，优秀硕士论文7篇；入选“国家研究生教学用书”3部；临床医学 [[ 博士后流动站 ]] 评为“全国优秀流动站”。

学校设有基础医学、 [[ 临床医学 ]] 、军事医学、 [[ 药学 ]] 、军事体育和政治理论等近147个教研室；抗疟药、放射医学2个研究室；全军肝胆外科、中西药、心胸外科、骨科等4个研究所和血液病、临床营养、临床免疫、烧伤、泌尿外科、生殖医学、 [[ 计划生育 ]] 和优生优育技术、急救医学9个全军研究中心。还设有神经生理、分子毒理学、免疫与基因治疗、心脏外科、肝胆肿瘤、生物信号传导6个全军重点实验室和国家卫生部真菌保藏中心，全军重点建设学科航海医学。

学校拥有一支结构合理、素质优良、充满活力的师资队伍，现有 [[ 硕士生导 师414 师]]414 名、 [[ 博士生导 师184 师]]184 名，其中，中国科学院院士2名，中国工程院院士2名，国务院学位委员会学科评议组成员4名。国家重点学科26个，全军“2110工程”重点学科3个，总后“530工程”重点学科2个，国家临床药理基地2个，上海市重点学科7个，上海市临床医学中心4个，博士后流动站6个。已建立法学、 [[ 教育学 ]] 、文学、 [[ 理学 ]] 、工学、医学、管理学7个学位门类的研究生培养体系，博士学位授权一级学科6个，博士学位授权二、三级学科61个；硕士学位授权二、三级学科78个，硕士专业学位授权点3个（MPH、临床医学、 [[ 口腔医学 ]] ），博士专业学位授权点1个（临床医学）。拥有全军医学研究所、医学专科中心、重点实验室30个，其中免疫与基因治疗实验室、生物信号转导实验室和药物化学实验室被评为全军“重中之重”重点建设实验室，研究生专用教学实验室4个，多媒体网络教室26个，野战卫生勤务人员培训基地1个，在全军建立研究生联合培养点13个。