瓜什则乡属大陆性高原气候，春季气温低，多风少雨，土壤干旱，牧草返青迟；夏季降水集中，空气湿度大，蒸发作用相对较弱；秋季气温骤降，牧草生长期短；冬季干冷少雪；年平均气温0.7°C，最热月气温11.8°C，最冷月气温-12°C；年降水量498.6毫米，年日照时数1575小时，积温1280.1°C，无霜期86天。

瓜什则乡境内有比较丰富的野生动植物资源；珍贵动物有鹿、麝、苏门羚、黄羊、岩羊水獭、雪豹、稔荆、狐等；珍禽类有蓝马鸡、雪鸡、石鸡、血雉、环颈雉、岩鸽等；珍贵植物和药材有冬虫夏草、大黄、秦茏、雪莲、黄氏、姜活等；其中麝香、大黄丰富，且因质地上佳而闻名。