学校至今已有七十余年历史，前身为私立敦化小学，1931年由中国回教协会干事马晋卿[[投资]]创建，沙善余担任义务校长、抗战爆发，学校迁至南阳桥，易名敦和小学。1940年收回原校舍恢复上课，称正明小学。抗战胜利后，恢复敦化原名。1956年改为公立 <ref>[http://edu.sina.com.cn/ischool/2019-12-02/doc-iihnzhfz3042849.shtml 公办学校和私立学校有哪几方面的区别 ]，新浪，2019-12-02</ref> ，1959年更名为南市区回民一小校名。历任校长有沙善余、金耀祖、金幼云、扬子恒、吕慧娟、金敏、伍德贤。1987年学校被评为[[上海市]]小学教育先进单位，1990年荣获全国红旗大队称号。南市区回民二小的前身为崇本小学， 1947年由回民谢克、金幼云开办，校址在小桃园[[清真寺]]内，1956年迁至天文庙路81号，更名蓬莱区回民小学，1959年更名为南市区回民二小。历任校长谢克、金幼云、石厚珍、张兰、答朝柱。

区教育局不断增加了对学校的投入，学权的校容校貌焕然一新，并相继建造了演播室、电脑室、美术室 <ref>[https://www.sohu.com/a/360425532_100013230 儿童美术教学,该有范画吗？ ]，搜狐，2019-12-14</ref> 、民族陈列室等各类专用教室十间，保证了素质教育的实施。学校建造了《民族苑》，对全区中[[小学]]及社区开放，为学生了解民族知识和党的民族政策发挥了积极作用。《民族苑》的主要内容共分四个部分，分别是：[[中华人民共和国]]是一个统一的多民族的国家、异彩纷呈的民族习惯、各民族对祖国的贡献、民族工作在前进。