绍兴七年(1137)，高宗巡幸建康，吕本中上奏说：“当今的计策，必须先从事恢复故土的大业，求取人才，宽恤民隐，讲明法度，详审刑政，广开直言之路，使人人得以尽情上达。然后训练军队选拔将帅，增军上游，固守淮甸，使江南先有不能动摇之势，伺敌有隙，可一举而克。如果只有恢复大业的志向，而没有相应的对策，国家根本未强大，恐怕会产生其他祸患。现在江南、两浙地区赋税日益增加，乡里疲敝，倘若遭到水旱之灾，坏人起而发难，不知道朝廷怎样对付？近来臣僚中劝说兴师问罪讨伐金朝的，不可胜数，看他的言辞固然十分理直气壮，但考察实际却难以实行。大概进言的人，同朝廷的利害绝不相等，言论没有实现，事情没有成功，便脱身离去。朝廷设施失当，谁能承担责任？鸷鸟将要出击时，必先隐藏形迹，现在朝廷对于进取没有丝毫之实，所下诏命，已传到敌境，使敌人得以事先准备，这不是办法。”又上奏“：江左形势险要之地如九江、鄂渚、荆南各路，应当驻屯重兵，选派重臣。吴时说西陵、建平，是国家的藩篱门户，希望精择守将，以备紧急，那么江南自守之计就齐备了。”

太监郑谌退休时特命复出，得到掌管军队的官职。吕本中说“：陛下进临江浒，将有所作为，现在贤士大夫没有得到重用，隐藏山林的能人没有招至，反而用郑谌为统兵官，这是为什么？”命令于是作罢。吕本中以疾病请求奉祠，直龙图阁、知台州，没有到任，主管太平观。召任太常少卿。