蛋白质与植物基因研究国家重点实验室依托北京大学。为了适应生命科学的迅速发展，原国家计划委员会于1987年批准在北京大学生物系建立蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室 <ref>[https://www.sohu.com/a/190218390_823256 拥有国家重点实验室才是真的牛！国家重点实验室数量排行榜出炉]，搜狐，2017-09-06 </ref> 。实验室于1987年1月开始筹建，1990年9月通过国家验收并对国内外开放。2001年评估结束后实验室领导换届。科技部国科发基〔2010〕747号批准实验室更名“蛋白质与植物基因研究国家重点实验室”。实验室由北京大学校长许智宏院士担任新一届学术委员会主任，朱玉贤教授为实验室主任。

实验室现有固定人员39人，大多数为中青年学者，其中教授16人，副教授5人，讲师8人，“长江计划”特聘教授4人，拥有博士学位的年轻学术骨干16人。根据国家经济建设和科技教育事业发展的需要，立足于国际学科发展的先进理论和技术前沿，实验室开展大分子结构与功能关系、分子生物学及基因表达调控的基础理论研究和应用基础研究，力图将现代生物工程新技术、新方法应用于农业和医药生产。96到2000年间，我室科研人员共主持国家重大基础研究项目二级子课题3项，参加3项。主持科技部“转基因植物专项”重大项目2项。主持863项目19项，国家自然科学基金委面上项目19项，重点项目2项，国家杰出青年基 金4 金<ref>[https://www.sohu.com/a/412621892_260616 2020年度国家杰出青年科学基金项目申请人名单公布] ，搜狐，2020-08-11</ref>4 项，国际合作项目15项，实到科研经费6000万元。共在国内外主要学术刊物上发表论文275篇，其中SCI收录论文105篇，出版中文专著10部。在中国科学院文献情报中心1999年发布的论文被引次数最高的前十个国家重点实验室中，本实验室排位第4。