1954年4月，中国伊协在京委员（扩大）会议决定创建中国伊斯兰教经学院。1955年3月，中国伊斯兰教经学院正式成立 <ref>[https://www.chinanews.com/gn/2017/06-04/8241486.shtml 斋月里的中国伊斯兰教经学院]，中国新闻网，2017-06-04</ref> 。同年9月，经学院首届本科班开学，学生由回民学院阿拉伯语专修班转来，入学时直接升入三年级。1957年12月26日，中国伊斯兰教经学院首届本科班毕业，26名毕业生中的陈广元、马忠杰、马云福、杨宗山、李华英等人后来成为中国伊斯兰教界领袖。1958年3月1日，经国务院总理周恩来批准建设的中国伊斯兰教经学院教学楼和学生宿舍楼竣工，师生迁入新校舍[1] 。

“文革”期间，中国伊斯兰教经学院停办[1] 。根据中发〔1980〕22号文件关于恢复各地宗教院校的指示，1980年7月中国伊协决定“尽快恢复中国伊斯兰教经学院”，同年12月开办第一期在职阿訇进修班。1982年11月5日，经学院首批本科（五年制）学生42人举行开学典礼[1][2] 。

约占全部课程的70%。设有《古兰经》注释、古兰学、古兰诵读学、伊斯兰教教法、教法原理、教法史、教义学、圣训、圣训学、中外伊斯兰教史、阿拉伯语、阿文书法、教务实习等。[3]

约占全部课程的30%。包括邓小平特色理论、中国革命史和爱国主义教育课 <ref>[https://www.sohu.com/a/338147403_243614 国家级的爱国主义教育的经典课程]，搜狐，2019-09-02</ref> 、大学语文、写作、历史、地理、计算机、体育等[3]