河南省中医药研究院成立于1959年3月，是一所应用现代科技手段和传统中医药理论进行中医、中药研究及中西医结合防治疾病的科研医疗机构。建院之初原名为河南省中医中药研究所，1964年更名为河南省中医研究所，隶属于河南中医学院。1979年7月划归河南省卫生厅（现河南省卫生健康委）直接领导，定名为河南省中医药研究所，成为专门从事中医药研究的科研机构。1988年4月，复更名为河南省中医研究院。1994年4月正式更为现名。