[[咸阳市|咸阳]]（今陕西省[[咸阳市]]东北）位于[[关中平原]]中部，北依高原，南临[[渭河]]，顺渭河而下可直入黄河，[[终南山]]与渭河之间可直通[[函谷关]]。为便于向函谷关以东发展，秦孝公于前350年命商鞅征调士卒，按照[[鲁国]]、卫国的国都规模修筑冀阙宫廷，营造新都，并于次年将国都从[[栎阳]]（今陕西省[[渭南市]][[富平县]]东南）迁至咸阳，同时命商鞅在秦国国内进行第二次变法。<ref>《史记·卷五·秦本纪》：（秦孝公）十二年，作为咸阳，筑冀阙，秦徙都之。</ref>主要内容为：{| class="wikitable"|- bgcolor="#CCCCCC"! width=19% | 改革方略 !! 具体措施|-|开阡陌封疆，废[[井田制|井田]]。<ref name="秦史稿">{{Cite book|author=林剑鸣|title=《秦史稿》|location=上海市绍兴路54号|publisher=上海人民出版社|date=1981年2月|pages=第183页至第185页、第190页、第204页|ISBN=|accessdate=|url=|language=|quote=}}</ref>}}，制[[辕田]]，允许土地私有及买卖 || “陌”指亩与亩之间的小道，“阡”指百亩与百亩之间的小道，封疆则指大块田地周围所建筑的封土堆和矮墙，是土地所有者的标记。商鞅变法时为充分利用秦国国内的土地和劳动力，重新划分了全国耕地，去除了原有的阡陌封疆，将贵族的闲置耕地收回国有后重新分配，改周制百步为一亩为二百四十步为一亩。<ref>《史记·卷六十八·商君列传》：为田开阡陌封疆。《通典·卷一百七十四·州郡四·古雍州下》：按周制，步百为亩，亩百给一夫。即一顷也。商鞅佐秦，以一夫力余，地利不尽，于是改制二百四十步为亩，百亩给一夫矣。</ref>商鞅还下令恢复了旧制的辕田，规定耕种辕田者不必按旧制每三年将土地交还国家，也不需根据辕田的分配迁徙搬家。<ref>《汉书·卷二十八下·地理志》：孝公用商君，制辕田，开仟伯，东雄诸侯。颜师古引孟康曰：三年爰土易居，古制也。末世侵废，商鞅相秦，复立爰田…爰在其田，不复易居也。</ref>此外，商鞅还下令允许土地自由买卖。|-|推行县制 || 将秦国国内村庄合并为41县<ref>{{Cite book|author=郑良树|title=《商鞅评传》|location=南京大学校内|publisher=南京大学出版社|date=1998年12月|pages=第139页|ISBN=7305032999|accessdate=|url=|language=|quote=这里的“三十一县”应当是“四十一县”之误，秦统一天下后全国置四十一县，司马迁乃就最后的县数来说，三、四古时多积画为文，所以容易致误。《史记·秦本纪》“考证”说：“诸本三作四。”可谓明证。}}</ref>}}，县衙内设置[[县令]]处理县内政务。<ref>《史记·卷五·秦本纪》：并诸小乡聚，集为大县，县一令，四十一县。</ref>前349年，秦国开始在各县设置定额俸禄的官吏。<ref>《史记·卷十五·六国年表》：（秦孝公）十三年，初为县，有秩吏。</ref>满万户以上的县设置县令，不满万户的县设置[[县长]]，俸禄三百石至一千石不等。县令、县长之下设置[[县丞]]辅佐县令，设置[[县尉]]处理县内军务，俸禄二百石至四百石不等。此外还设若干俸禄一百石以下的[[少吏]]协助工作。<ref>《汉书·卷十九·百官公卿表》：县令、长，皆秦官，掌治其县。万户以上为令，秩千石至六百石。减万户为长，秩五百石至三百石。皆有丞、尉，秩四百石至二百石，是为长吏。百石以下有斗食、佐史之秩，是为少吏。</ref>|-|初为赋 || 在征收田租的基础上，秦孝公于前348年开始在国内加收口赋，即[[人頭稅|人头税]]。<ref>《史记·卷五·秦本纪》：（秦孝公）十四年，初为赋。</ref>|-|统一度量衡 || 商鞅变法前，秦国各地度量衡不统一。为了保证国家的赋税收入，商鞅制造了标准的度量衡器[[商鞅方升]]，规定1标准尺约合今0.2308864公尺，1标准升约合今0.20063492公升。此外商鞅还规范了进位制度，统一了斗、桶、权、衡、丈、尺，<ref>《史记·卷六十八·商君列传》：平斗桶权衡丈尺。</ref>规定六尺为一步，<ref>《通典·卷一百七十·刑法八·宽恕 囚系 舞紊 峻酷 开元格》：秦孝公纳卫鞅说，变法令，舍人无验者坐之，弃灰于路者刑，步过六尺者罚。</ref>二百四十步为一亩，五十亩为一畦。<ref>《一切经音义·卷七十七》引《风俗通义》：秦孝公以二百四十步为畮，五十畮为畦。</ref>|-|燔诗书而明法令，塞私门之请，禁游宦之民 || 为统一思想明确法令，排除复古思想的干扰，商鞅下令焚烧《[[诗经]]》、《[[尚书]]》以及[[诸子百家]]的著作来明确法令。商鞅同时下令在秦国国内杜绝走后门的私人请托，禁止他国士子通过游说获得官职。《韩非子·和氏第十三》：商君教秦孝公以连什伍，设告坐之过，燔诗书而明法令，塞私门之请而遂公家之劳，禁游宦之民而显耕战之士。|-|执行分户令 || 为彻底挖掘国内剩余劳动力，去除秦国民间戎狄风俗。商鞅颁布法令废除大家庭制，禁止百姓父子兄弟同居一室。<ref>《史记·卷六十八·商君列传》：而令民父子兄弟同室内息者为禁。</ref>|} 经过第二次变法后，秦国国力更加强大。[[周顯王|周显王]]派使臣赐予秦孝公霸主的称号，诸侯各国都派使者前来祝贺。<ref>《史记·卷五·秦本纪》：（秦孝公）十九年，天子致伯。（秦孝公）二十年，诸侯毕贺。</ref>前348年，[[韩昭侯]]亲自前往秦国，与秦孝公签订停战盟约。<ref>《史记·卷十五·六国年表》：韩昭侯十一年（应为十五年），昭侯如秦。</ref>前342年，秦孝公派太子驷率领[[西戎]]九十二国朝见周显王，显示了秦国西方霸主的地位。<ref>《后汉书·卷八十七·西羌传》：时秦孝公雄强，威服羌戎。孝公使太子驷率戎狄九十二国朝周显王。</ref>