孙毓芹去世后，在其学生的努力，和台湾艺术学院民族音乐系系主任[[吴瑞泉]]及该校校长[[凌嵩郎]]的支持下，成立了“民族艺师孙毓芹先生古琴纪念室”，陈列了孙毓芹平的字画、书籍、录音资料、古琴等物。