2006年，經當時台糖董事長[[余政憲]]舉發<ref>{{cite news|author1=黃巽君|title=台糖清門戶 舉發龔照勝|url=http://www.appledaily.com.tw/appledaily/article/headline/20051115/2203361/|accessdate=2016-03-19|agency=台灣蘋果日報|date=2005-11-15}}</ref>，檢方起訴龔照勝，認為他在台糖董事長期間涉入三項台糖弊案。龔照勝認為自己清白，拒絕請辭；遭當時的行政院長[[蘇貞昌]]將他停職，撤換其金管會主委一職，並移送[[監察院]]調查。這三項弊案，分別在2008年、2009年及2010年獲判無罪。龔照勝於2009年另外提起[[行政訴訟]]，希望撤銷停職命令，但敗訴<ref>{{cite news | url=http://udn.com/NEWS/NATIONAL/BREAKINGNEWS1/5170984.shtml| work=[[聯合報]] | title=前金管會主委龔照勝 撤銷停職敗訴 |date=01-10-2009}}</ref>。此外，在2006年，經[[法務部]]調查，龔照勝在擔任台糖董事長期間漏報名下財產，裁罰[[新台幣]]12萬元；2008年，龔照勝遭監察院彈劾。