2000年下旬，由云南格桑花卉公司牵头，在中科院植物研究所、[[云南大学]]、[[深圳仙湖植物园]]、[[澳大利亚]]国家植物园专家的参与支持下，完成了植物园的建园选择，开展了初步的植物本底调查和植被分布踏勘。植物园位置选在中甸城南郊8公里处的尼打木山地，海拔高度在3000米至4200米之间，北纬27度线附近，总占地面积2200公顷。此外，多种野生名贵[[勺兰]]共生共存的大片原始地，作为分园保护建设的重要基地也开始运作。至2001年5月初，香格里拉高山植物园建设全面启动。