ED46型电力机车出厂后，由于常磐线的交流电化工程尚未完成，因此首先配属到宇都宫机关区，在[[东北本线]]和日光线进行各项试验。1961年6月，随着常磐线取手至胜田区段完成交流电化，ED46型电力机车亦转配属尾久机关区，并开始投入常磐线运用，主要担当旅客[[列车]]的牵引任务。根据ED46型电力机车的试验结果和运用经验，日立制作所于1961年研制了[[EF80型电力机车]]，并开始投入批量生产。同年，根据新修订的国铁车辆形式称号规程，ED46型电力机车改称为[[ED92型电力机车]]。后来，这台机车移交中央铁道学园作为[[教学]]车使用，在很长一段[[时间]]内被存放在田端机关区，至1975年正式报废解体。