1908年，游击队划归清政府直属的正规部队，移驻昌图。
== 投靠奉军 ==
1911年，马占山投靠清军奉天后路巡防营统领吴俊升，任该部四营中哨哨长。
1913年，吴俊陞部改编为民国中央骑兵第二旅，马占山被任为三团三连少校连长。
1918年，晋升为营长。两年后，随督军吴俊陞到黑龙江赴任，擢升为团长，驻防海伦。
1925年，第二次直奉战争结束，又提升为东北陆军骑兵第十七师第五旅旅长。
1928年，调任黑龙江陆军步兵第三旅旅长，旋任黑龙江省剿匪司令、黑龙江省骑兵总指挥。
1930年，被派往黑河，担任警备司令兼三旅旅长，统辖沿江10余县防务。