本宮肇建於清康熙二十三年(西元一六八四年)，由先民林楷自大陸湄洲奉請媽祖金身渡臺，由笨港口登陸至 [[ 蚶仔寮 ]] ，相傳此地為『鯉魚吉穴』，遂擇為開基之地。結合六庄十一角頭集資共建草廟，取名為『笨港口天后行宮』。 清嘉慶十六年(西元一八一一年)重建為磚瓦結構，清同治十年(西元一八七一年)易宮名為『港口宮』，清光緒三十年(西元一九○四年)集資以嚕咕石重建，民國三十七年再次重建，歷時十年於民國四十七年竣工，並於四十八年舉行建醮祈安大法會，聖母據此靈地，神威顯赫遠播全台，蔚為本省一大宗教觀光聖地。<ref>[http://www.gangkougong.org.tw/about.asp 笨港口港口宮，全球資訊網]</ref> 

民國六十八年 興建大牌樓一座，於七月份工程全部完竣，總工程費新台幣二百餘萬元，全部由新竹仰德建設公司暨源力營造廠董事長許萬金先生捐獻，永銘大德。該座牌樓位於本宮東南角，結構堂皇壯麗美觀，以歡迎四方香客光臨本宮之入出門戶，大 樓高堪望海，遠客儘可朝山。

民國六十八年 十月二十日上午十一時多，歲次己末年八月三十日，蔣總統經國先生及隨員五十餘人，移龍駕蒞臨本宮視察，步入正門向聖母神像，拱手行禮表示崇敬，讚揚本宮歷史悠久，聖母神光普照，能得宏揚聖道，宣揚宗教導正善風，人民有此淳 良信仰，對政治社會裨助良多。

 媽祖本名 [[ 林默娘 ]] ，福建省莆田縣湄州人氏，其父林愿，字惟愨；母王氏，育有五女一男，因見於長子洪毅體弱多病，於是祈求觀音菩薩再賜一子以光宗祧。後周世宗六年（西元959年），六月十五日王氏夜夢觀音賜服仙丹，不久就有孕在身，於宋朝建隆元年（西元960年）三月廿三日亥時產下一女，因出生後經月不聞啼聲，遂取名為「默娘」。 默娘自幼聰穎，四、五歲時即聰明穎悟，兄姐皆有所不及。八歲時，父親送她到 [[ 私塾 ]] 唸書，默娘不僅一讀成誦，而且能領悟書中奧義。在媽祖十二歲時已通經史子集；喜歡持齋禮佛。媽祖十三歲時，遇玄通真人，玄通真人認為媽祖具有佛性，便傳其「玄微秘法」；媽祖敬而受之，日夜勤修，不久便領悟真締了。