除了這些生態景觀外，芝山岩也擁有豐富的歷史與人文景觀。例如西元前2000年存在的[[芝山岩遺址]]，1752年建造的[[芝山巖惠濟宮]]，1825年建造的[[芝山岩隘門]]，2000年被學者發現的[[圓山文化]]骨骸都相當具有代表性。而這些遺址或人文古蹟，皆被列為中華民國國定古蹟。

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