配天宮的建築配置大致呈「囬」字型，整體廟宇呈現正方型，中軸線上的空間最為尊貴，依次是華麗的三川殿、高大的正殿和後殿。最左右側是廂房，作為辦公等空間。正殿的兩邊設置鐘樓、鼓樓，以突顯華麗的屋頂線條。大正元年（西元1912年）整修時，相傳請到當時漳州名師陳應彬（西元1864-1944年）與郭塔（生卒年不詳）所主持，是嘉義唯一採對場作的廟宇。廟中巧思還有像是廟沿憨番扛廟角的交趾陶；和東洋風影響下著白西裝人物的交趾陶等等。廟內的千里眼、順風耳，為交趾陶名師葉王（西元1826-1887年）於清同治4年（西元1865年）的作品，堪稱是鎮廟之寶；另外，配天宮前殿的三幅門神，是日治時代民俗彩繪大師蔡草如（西元1919-2007年）作品，彌足珍貴，後修整時異地保存之。 至民國97年（西元2008年）大整修時，諸多文物已經損毀、風化，此次修復均依古蹟保護法保留原樣，邀請彩繪名師陳壽彝（西元1934-2012年）、交趾陶國寶級藝師林再興（西元1929-2010年）、剪黏大師許哲彥（西元1947年-）等藝師操刀，使配天宮建築在雕琢彩塑上，增添更多藝術珍寶。民國102年（西元2013年）遭逢祝融之災後，造成山川殿、正殿及左右過水廊嚴重毀損，在請託各方大師修復下，經過2年多努力修復完成。值得一提的是，原本的交趾陶出自已故藝師林再興（西元1929-2010年）之手，此次特別聘請其子林金倉（西元？年-），復原其父生前的作品。 廟中有諸多珍貴的文物，例如像是以巨大樸仔樹雕刻而成「鎮殿媽」，目前樹根仍盤結於地下，被譽為請不動的媽祖；存有湄洲媽祖廟日治大正9年（西元1920年）前往進香相贈，相傳為康熙皇帝御用金杯筊；大正11年（西元1922年）蒜頭糖場員工集資所獻敬贈之青銅香爐與一對大燭臺，皆為值得一見的文物。最後每年可於農曆正月到媽祖誕辰期間於此觀賞「御賜燈花」，相傳清嘉慶皇帝為感念養育水師提督王得祿的兄嫂，因此邀請其到北京皇宮內觀賞元宵燈花，後期因其老邁不克前往，於是御賜可於自宅中布置，兄嫂以與大家同樂之心，將御賜燈花委託移至配天宮舉辦至今，傳為佳話。<ref>[https://www.taiwangods.com/html/cultural/3_0011.aspx?i=270 朴子配天宮，臺灣教文化地圖-臺灣教文化資產]</ref>

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