1999年撤销观内的惠福西路第二小学。2000年下半年，五仙观内外的民居、商铺开始被清拆，2001年完成，随后兴建文化广场。2002年起对头门外的东、西廊、牌坊等进行重修，2003年对外开放。当时当局的施工原则是，尽量按原貌恢复，并要求于翌年[[春节]]开放。重建的新牌坊瓦坑数较原样的为多，柱础变大，其他一些细节造型也与原貌有差异。由于[[牌坊]]前的地面已在早前被垫高，重建时抬高了牌坊台基，而且未能恢复原来正间上的七级台阶。2013年3月，五仙观及岭南第一楼被列入第七批[[全国重点文物保护单位]] <ref>[http://roll.sohu.com/20130509/n375352367.shtml 广州五仙观近日被列入全国重点文物保护名单(组图)]，搜狐，2013-05-09</ref> 。

后殿往后是岭南第一楼。其始建于明朝洪武七年（1374年），现存的是万历年间重建。该楼坐北朝南，宛如城楼，分为上下两层。下层以红砂岩砌筑而成，宽14米、深12米、高7米，中间为拱券洞门，前后贯通。上层为木结构，呈长方形，宽11.8米，深9.7米，重檐歇山顶，桁梁刻有“[[乾隆]]五十三年重建”字样。现存二层的木构架是清乾隆五十三年（1788年）的建筑。[[屈大均]]在《广东新语》中把它与镇海楼、海山楼和拱北楼合称为“四大崇楼” <ref>[http://www.gzzxws.gov.cn/gzws/gzws/ml/gsws76/201207/t20120703_28925.htm 五仙观的沧桑]，广州文史，2012-7-3</ref> 。