翁俊明幼極聰慧，三歲已能識字，有神童之稱。13歲之前致力攻讀經史，並習作詩文。1905年始入臺南第一公學校（現在的[[國立台南大學]]附設實驗小學）接受新式教育。1909年以優異成績考入[[臺灣總督府醫學校]]（現在的[[國立臺灣大學]]醫學院醫學系）學習現代醫學，與[[杜聰明]]同學。