动物研究所是以动物科学基础研究为主的社会公益型国家级科研机构。主要定位在围绕[[农业]]、[[生态]]、[[环境]]和人类健康及其人与自然协调并存等方面的重大需求和科学问题，在珍稀 [[ 濒危动物 ]] 保护、有害动物控制、资源动物可持续利用、动物疾病预警与防控、生殖与发育生物学、动物系统学和进化生物学等领域开展基础性、前瞻性、战略性研究。

研究珍稀濒危物种的繁殖行为，濒危机制、保护策略与措施，探索遗传多样性与种群生存力的关系。在物种、种群、群落和 [[ 生态系统 ]] 层面上探索动物多样性功能群对环境变化的响应及反馈机制，研究受损生态系统恢复和重建的理论基础与技术途径。加强生物多样性保育、珍稀濒危物种贸易监测和生物多样性信息系统建设及研究，为 [[ 野生动物 ]] 资源的保护和可持续利用提供科学依据。

研究有害动物的繁殖行为和动植物协同进化关系，揭示害虫、害鼠种群爆发成灾的 [[ 生态学 ]] 机理，发展无公害生态控制理论；研制 [[ 昆虫 ]] 和害鼠信息素、生长调节剂和不育疫苗等无公害的生物制剂；研究杀虫剂和其他有机化合物的作用机理及其在生物体内和环境中的降解机理；发展控制有害生物的新 [[ 技术 ]] 、新途径、新方法。为 [[ 食品 ]] 安全和 [[ 农业 ]] 可持续发展提供技术支撑。

动物研究所目前承担在研课题300余项，其中国 家973 家[[973 项 目13 目]]13 项，国家863项目5项，国家攀登计划项目1项，国家杰出青年基金项目7项，国家基金重点项目6项，中科院创新重大项目1项，中科院创新重要方向性项目8项，中科院国际合作项目9项。

2003年，动物研究所科研人员首次使用航空红外遥感技术和GPS项圈对 [[ 滇金丝猴 ]] 自然种群开展研究工作．

2003年，动物研究所科研人员发现大足鼠耳蝠为食鱼蝙蝠，这是在 [[ 亚洲 ]] 首次发现会抓鱼的 [[ 蝙蝠]]<ref>[http://www.hinews.cn/news/system/2011/01/13/011858800.shtml 揭开大足鼠耳蝙蝠食鱼之谜(1)]，南海网，2011-01-13 </ref>．

1999年，动物研究所科研人员在 [[ 辽宁 ]] 长海县发现 [[ 黑脸琵鹭 ]] 繁殖，这是中国首次发现的黑脸琵鹭繁殖记录．

动物研究所设有农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室、计划生育生殖生物学国家重点实验室、生物膜与膜生物工程国家重点实验室等三个 [[ 国家重点实验室 ]] ，动物生态与保护生物学院重点实验室和动物进化与系统学所级重点实验室。

动物研究所挂靠的学术组织有： [[ 中国昆虫学会 ]] 、 [[ 中国动物学会 ]] 、中华人民共和国濒危物种科学委员会、国际动物学会、国际野生生物保护学会。

动物研究所主办的 [[ 学术 ]] 刊物有《Insect Science》、《Integrative Zoology》、《Current Zoology》、《昆虫学报》、《动物分类学报》、《动物学杂志》、《应用昆虫学报》。