病因可能是病毒或細菌感染，以病毒引起居多，像是 [[ 冠狀病毒 ]] 、鼻病毒、腺病毒、流行性感冒病毒、副流行性感冒病毒、 [[ 腸病毒 ]] 等，若是細菌則以 A 族 [[ 鏈球菌 ]] 最常見。 <ref>{{Cite journal | author = 林志勳 | title = 慢性扁桃腺炎徹底根除，必要時可以手術治療| journal = 奇美醫訊| year = 2019 |issue = 126 | pages = 20 - 21 }}</ref>