截至2018年9月，学校设有13个二级学院、53个[[本科]]专业<ref>[http://www.zhongkaowu.com/gk/zhuanye/202004/gk_83037.html 巢湖学院 有哪些院系和专业、什么专业比较好]，精英中考网</ref>，涵盖经、法、教、文、史、理、工、管、艺9大学科门类。