而許多台灣少見的植物，如：圓蓋陰石蕨、黑足鱗毛蕨、華南狗娃花、闊鱗鱗毛蕨、澤漆、東南懸鉤子、麥蔥、豆梨、小果薔薇、華南南蛇藤、唐杜鵑、琉球野薔薇、縮羽鐵角蕨與流蘇等隨處可見。而馬祖石蒜、馬祖卷柏、馬祖紫珠、馬祖紫檀與馬祖野百合等以馬祖來命名的植物，更是馬祖地區的特有物種。也顯示出當地自然資源的豐富與珍貴性，值得大家好好維護與欣賞。

馬祖地區屬亞熱帶海洋性氣候，四季分明，冬冷潮濕，春夏交際多霧，秋天氣候平均較為穩定。馬祖的緯度略高於台灣北部（約一度），惟因靠近中國大陸的大陸型氣候，氣溫比台北低，年平均溫度為攝氏18.6度，日夜溫差亦大，每年氣溫12月至2月間最低，3月份以後慢慢上升；7、8月氣溫最高，月平均溫度在29度左右，此後逐漸下降，2月份月均溫最低，僅10度左右。