幼時父親將她托給奶娘照顧，混在鄉村雞鴨群裡長大，自小與雞對望，因此常被啄得滿臉傷還滑成了滑稽突梯的鬥雞眼，又因為沒有人同她講話，只有一隻大黃牛鎮日「哞哞」地叫，因此琦君到了三歲還不會說話，見了人只會「哞」。

琦君家學淵博，自小由父親帶領七歲就開始讀唐詩、詩經、習字，在耳濡目染的情況下，培養了濃厚的國學素養，並且喜歡偷看《三國演義》等武俠、言情小說，啟發她對文學創作的興趣。十一歲時，在北平的哥哥去世，琦君以文言文寫〈祭兄文〉，又以白話寫〈哭哥哥〉，白話文一篇被堂叔稱讚有加，於是開啟她寫語體文的契機。十二歲時進入「女學堂」就讀，一位外國女老師韋先生給她無比愛的教育。十四歲時，開始接觸西式教育進入弘道女中就讀，十七歲成績優秀直升高中部，在此時期琦君雖在父親督導下研讀《通鑑》，然而好求知的她，暗中讀著新舊[[小說]]，同時受到新舊文學的洗禮；中學時因常作文言文，被同學稱為「文學大將」，但投稿報紙副刊卻慘遭退稿，高中時經國文老師的耐心鼓勵，由回憶文入手，成了校刊及報紙副刊的常勝軍<ref>{{Cite web |url =http://tlm50.twl.ncku.edu.tw/wwqj1.html| title =永保赤子之心的希世珍琦—─琦君}}</ref>。