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肯尼亚航空成立于[[东非共同体]]解体、东非航空停业之后的1977年2月，1996年前由肯尼亚政府全资所拥有。 1986年，肯尼亚政府出版《一号会议文件》（Sessional Paper Number 1），指出国家[[经济]]发展的需要，强调航空公司私有化的观点，由此开始了对航空公司进行私有化的第一步尝试。1991年政府任命菲利普·恩德戈瓦（Philip Ndegwa）为董事会主席，下令对公司私有化。1992年出版《公共企业改革》文件出版，优先将肯尼亚航空公司私有化。 1993-1994财年，公司实现首次盈利，同时，[[国际金融公司]]于1994年获准为私有化提供帮助。1995年，肯航重组债务，与荷兰皇家航空签署协议，由[[荷兰皇家航空]]收购其26%股份，成为最大的单一股东。1996年，股票公开发行，在内罗毕证券交易所上市；2004年10月在[[达累斯萨拉姆]][[证券交易]]所上市。
2004年4月，货运公司分设[[商标]]；同年7月并入国内航线分部“弗拉明戈航空公司”（Flamingo Airlines）。2005年，公司更换标准涂装，原四条横贯机身的彩条更换为公司口号“the Pride of Africa”，“KA”尾标改为[[字母]]Q中包含着一个K，而KQ即公司代码。 截止于2005年3月31日的年度决算中，税后收入比2003-2004年度翻了两番，达Kshs 38.82亿肯尼亚先令（约5400万[[美元]]），运送旅客逾200万人。2005-2006年度收入达48.3亿先令。 2006年3月，公司获得2005年“非洲年度航空公司”，是七年来第五次获此殊荣。 2006年（2006年4月-2007年3月）发送旅客人数创下新高，达260万人。 2007年9月4日，肯尼亚航空公司正式加入天合联盟，成为非洲第二家加入航空联盟的 [[ 航空公司 ]] 。
公司目前的控股情况：肯尼亚民众私人股份（30.94%）、荷兰皇家航空（26%）、肯尼亚政府（23%）、肯尼亚公共投资人（14.2%）、外国公共投资人（4.47%）、外国民众私人股份（1.39%）。2007年3月时有2408名雇员。另外还持有[[坦桑尼亚]]Precision Air[[航空公司]]49%的股份。