对属于原核生物的细菌和古菌来说，因为不进行有性生殖，一个种除形态和生物化学特征不能有较大差别外，还必须满足rRNA序列的相似性要大于97%。

在实际操作中，这些定义通常都相当一致，这些定义的不同点主要是侧重点不同而非相互否定。然而，还没有提出一个物种概念可以在无需具体分析情况下，就能完全应用于所有物种的[6]。事实上，科学界对于物种的定义约有二十多种[7]。物种问题就是指生物学家针对物种定义的争议。