園區現有植物千餘種，其中外來引進者325種，[[仙人掌]]則有70餘種。另外，在墾丁的海岸林邊還有許多重要的野生植物，例如素有「墾丁之花」封號的棋盤腳，就是[[臺灣]]瀕臨絕種植物之一；它們生長在南臺灣海岸，果實外型有如肉粽、又像古代棋盤的腳，其花朵只在夜間開放，天一亮即凋謝，非常珍貴。