因內醯胺類抗生素（beta-lactam）對支原體肺炎治療無效，故台灣衛生福利部疾病管制署，建議首選治療的藥物為[[ 巨環類抗生素]] （macrolide），替代性藥物為喹諾酮類(quinolone) 抗生素或四環黴素類。