腔棘鱼纲分为[[腔棘目]]和[[爪齿鱼目]]。其中爪齿鱼 <ref>[http://m.sohu.com/a/80697824_393030 爪齿鱼类揭示肉鳍鱼类早期演化格局]，搜狐，2016-06-04</ref> 目生活在四亿年前左右，已灭绝。现仅存腔棘目下矛尾鱼，被称为“活化石”。