中平元年（184年）二月，[[太平道]]首领[[ 张 張 角]]聚众起义，[[黄巾之乱]]爆发，朝廷任命曹操为[[騎都尉]]，前往[[颍川]]郡镇压叛乱。由於鎮壓黃巾軍有功，升任[[濟南郡|濟南]]相，任職後罷免貪污官員約八成，並且嚴令禁止當時盛行的宗教迷信。据说因为曹操当政素称严明，济南郡一帶作乱之徒听说曹操要来了，都纷纷潜逃到别的郡县。曹操被任命为[[東郡]][[太守]]，但是曹操没有就任，称病回乡<ref>据《三国志》裴松之注所引的《魏武故事》建安十五年12月己亥令所载：“去官之后，年纪尚少，……故以四时归乡里，于谯东五十里筑精舍，欲秋夏读书，冬春射猎，……。”</ref>。当时天下纷乱，先是发生了[[冀州]][[刺史]][[王芬]]联合[[南阳]][[许攸]]、[[沛国]][[周旌]]等地方豪强，谋划废黜灵帝立[[合肥侯]]的事件。王芬等人曾经希望曹操加入他们，但被曹操拒绝，<ref>魏书载太祖拒芬辞曰：“夫是废立之事，天下之至不祥也。”</ref>后来王芬事败自杀。接着，又有西北[[金城郡]]（今甘肃[[兰州]]）的[[边章]]、[[韩遂]]杀死刺史和太守，率兵十余万反叛朝廷。

188年，曹操被起用为[[西园八校尉|典军校尉]]。189年，在位22年的[[ 汉灵 漢靈 帝]]驾崩，终年34岁，太子[[刘辩]]登基，何太后[[临朝听政]]。大将军[[何进]]想趁宦官失势之机诛灭阉党，但是没有取得太后的支持。于是何进便召时任并州刺史的[[董卓]]进京，胁迫太后同意。然而此举打草惊蛇，董卓尚未抵達京城，何进已经被宦官下手谋杀，随后宦官十常侍也被[[袁绍]]等人诛杀。同年[[九月]]，董卓入京，诛杀[[丁原]]，逼走[[袁绍]]，执掌朝政。废[[汉少帝]]刘辩为[[弘农王]]，改立其弟陈留王刘协为皇帝，是为[[漢獻帝]]，京城陷入混乱。为了稳定局面，董卓想拉拢曹操，上表奏请曹操为[[骁骑校尉]]。但是，曹操沒有接受董卓所封的官职，害怕惹禍上身，更名改姓，潜逃出洛阳。