陳其邁
初出茅廬
在就讀台大公共衛生研究所時，擔任其父親陳哲男的辦公室主任。1994年幫助陳哲男擬定「全民健保法」及「老人福利法」。並出任地下電台蕃薯之聲電台台長。
給扁家的政治獻金
儘管陳其邁小心翼翼，但政治風暴還是時有發生。2004年2月，商人陳由豪在美國發出三封公開信，除了指出曾提供鉅額政治獻金給陳水扁外，還指控陳哲男、陳其邁父子都曾收取其政治獻金，並稱陳哲男是“黑金中心”。接著親民黨“立委”再指控陳哲男高價購置豪宅，鉅額財務不明。隨後媒體又披露在過去短短的9年間，陳哲男身價逼近1億元新台幣，而僅憑其過去9年間擔任“立委”、公職的薪水，即便不吃不喝，全部存起來，也不可能賺到這麼多錢。除了財産問題之外，陳哲男還被指涉及“賣官鬻爵”，涉嫌大量政、商人事安排違規的案件。接連曝光的醜聞重創了陳氏父子的政治行情。一向口若懸河並擔任陳水扁競選總部發言人的陳其邁，此時也是心慌意亂、手足無措，好些日子不敢在媒體露面。
陳其邁因父親為陳水扁的嫡系自然也歸至陳水扁陣營，很快即成為陳水扁掌控的派系“正義連線”的核心成員，並曾連續數年擔任過該係的秘書長、常務執行委員。多年來，陳其邁一直賣力為陳水扁打拼。1998年，陳水扁想把許信良趕下黨主席的寶座，支援林義雄競選，陳其邁在陳水扁的授意下先是竭力反對許信良連任，後又出任林義雄競選黨主席的執行總幹事。[1]
爭議事件
高雄捷運外勞弊案，是指2005年8月21日高雄捷運公司位於高雄市岡山區移工宿舍的泰國籍外籍勞工暴動事件後，所揭露的外勞管理問題和衍生出的疑似有台灣民意代表及政府官員涉嫌向外勞仲介公司收取佣金、官商勾結等弊案。主要被告，包括前總統府副祕書長陳哲男，最後皆以無罪定讞。此案是台灣人權紀錄的一大污點，同時也嚴重衝擊民主進步黨「清廉執政」與「人權立國」的形象，被認為是民進黨在2005年中華民國地方公職人員選舉中失敗的重要因素。涉嫌自外勞仲介中獲取不當利益的人士包括前總統府副祕書長陳哲男、高雄市政府勞工局局長方來進、高雄捷運公司負責引進泰勞事務的副董事長陳敏賢、前高雄捷運公司總經理賴獻玉、高雄捷運公司總經理特助劉克強、負責管理泰籍勞工的華磐仲介公司總經理嚴世華與其妻王彩碧、擔任高雄捷運公司顧問的前高雄市政府捷運工程局局長周禮良等。由於勞委會主委陳菊與高雄市代理市長陳其邁被視為競選下屆高雄市長的人選，在這次事件上，二人就政治責任問題而角力，最後引致二人共同請辭。總統陳水扁批准總統府國策顧問陳哲男、總統府顧問陳敏賢的辭呈。2005年11月9日，交通部政務次長周禮良因不當收受高捷研究費新台幣六十萬元與探病金新台幣二十萬元，被民進黨中央開除黨籍；周禮良當晚隨後向交通部長林陵三口頭請辭。[2]