台湾清治末期，石笋地区为一街庄，称为“石笋庄”，隶属于三貂堡。该庄北与灿光藔庄为邻，东北一小段与鸡母岭庄为邻，东及东南与三叉港庄为邻，西南边及西边为武丹坑庄。
1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于基隆厅，编入第八区。1905年（明治三十八年）7月，第八区、第九区合并为“顶双溪区”。1920年（大正九年），该庄改制为“石笋”大字，隶属于台北州基隆郡双溪庄。
战后双溪庄改制为双溪乡，隶属于台北县，大字亦改制为村。2010年（民国99年）12月，台北县升格为新北市，双溪乡改制为双溪区，村改制为里。
