台灣清治末期,石笋地區為一街庄,稱為「石笋庄」,隸屬於三貂堡。該庄北與燦光藔庄為鄰,東北一小段與雞母嶺庄為鄰,東及東南與三叉港庄為鄰,西南邊及西邊為武丹坑庄。
1901年(日治明治三十四年)11月,該庄隸屬於基隆廳,編入第八區。1905年(明治三十八年)7月,第八區、第九區合併為「頂雙溪區」。1920年(大正九年),該庄改制為「石笋」大字,隸屬於臺北州基隆郡雙溪庄。
戰後雙溪庄改制為雙溪鄉,隸屬於臺北縣,大字亦改制為村。2010年(民國99年)12月,臺北縣升格為新北市,雙溪鄉改制為雙溪區,村改制為里。